ANALISIS SEKUENS SEBAGIAN GEN Cytochrom b (cyt b) AYAM HUTAN MERAH (Gallus sp.) MINAHASA

Abstract

Ayam (Gallus sp.) adalah jenis unggas yang memiliki sebaran genetik yang luas. Berdasarkan observasi yang dilakukan di beberapa wilayah kabupaten Minahasa, hampir setiap keluarga membiakan ayam. Pemuliaan suatu spesies dapat berakibat punahnya beberapa jenis sifat genetik yang dianggap hal yang tidak dibutuhkan. Padahal, sumber genetik utama dari seluruh varietas ayam berasal dari varietas ayam hutan yang hanya dapat ditemukan di hutan yang tersebar di seluruh wilayah indonesia. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Oktober 2016. Pekerjaan laboratorium dilaksanakan di laboratorium Biologi FMIPA Unima dan laboratorium FirstBase Malaysia. Sampel merupakan jaringan otot dada ayam liar di wilayah Minahasa. Sekuens sebagian gen cyt b sampel menunjukkan profil yang spesifik. Berdasarkan sebagian gen cyt b ayam hutan merah Minahasa berkerabat dekat dengan Gallus gallus (FM205718.1; FM205716.1; DQ512917.1) dan terpisah dengan kelompok subspesies lainnya. Hasil penyelarasan mengungkapkan ada 3 situs polimorfik. Posisi situs polimorfik adalah nomor 216, 291 dan 294. Pada situs nomor 216 basa A→G, situs nomor 291 basa A→G, dan situs nomor 294 basa A→C, mengalami subtitusi transversi. Substitusi teramati terletak pada basa protein ketiga pada kodon.

Kata kunci: Cytochrom b (cyt b), Varietas, Laboratorium FirstBase, Polimorfik, Transversi, Basa Protein, Kodon